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二类医疗备案是在当地药监局进行备案。办理二类医疗备案需要准备以下材料：

1. 填写医疗器械经营许可证申请表。
2. 准备法定代表人、负责人身份证复印件，工商营业执照复印件，组织机构代码证复印件。
3. 准备门店地址，并写出门店地址的使用授权书和房产证明文件。
4. 提供相关部门批准经营预包装、保健食品、乳制品等类别药品的文件等资质证书和复印件。

需要注意的是，只有二级及以上公立医疗机构才需要提供相关药品质量把关意见函，另外应当具有保证所经营产品质量的生产设施、制度和管理，以及经过注册的执业人员。
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